14歲的少年碇真嗣應父親之召從避難地來到第三新東京市,剛到不久,就被卷入了軍隊和使徒的交戰之中,危急時刻,一名美女出現救了真嗣.
美女是特殊機關NERV的官員葛城美里.葛城將真嗣帶到了他的父親——NERV總司令碇元渡面前.見到久別重逢的兒子,碇元渡並無半句溫存的問候,而是直接命令他立刻坐上秘密開發的巨大機器人武器EVA初號機出擊擊退使徒.
性格內向又膽怯的真嗣不滿父親的不近人情,不肯出擊.然而,當他看到少女駕駛員綾波麗身受重傷卻不得不堅持上陣時心中不忍,于是勉強坐上了EVA.
從未接受過訓練的真嗣初次出擊,然而他所面對的是一場生死攸關的大戰.掌握著世界命運的少年將如何作戰?而"第二次沖擊"背後的"人類補完計劃"的真相又究竟是什麼?
