根據最深層的記憶,蓋諾賽克特們回到了遠古時代的住所,可是在三億年曆史長河中,它們的家園早已面目全非.放眼望去,故鄉變成風雪交加,蠻荒寒冷的山野,蓋諾賽克特們心中升起無比的悲涼與絕望.
"我想要回家!"
抱持著這樣深深的執念,五只蓋諾賽克特朝向大都會紐特市進發.與此同時,另一只傳說中的神奇寶貝超夢(高島禮子 配音)通過精神力量注意到了蓋諾賽克特們的行蹤和意圖.與這五只尋家的神奇寶貝一樣,超夢也是借助人類之手誕生世間的神奇寶貝,此時她的心中若有所思.
另一方面,持續進行修業之旅的小智(松本梨香 配音),天桐(宮野真守 配音),艾莉絲(悠木碧 配音)正在造訪紐特市.為了保護神奇寶貝,該市致力修建的神奇寶貝山莊即將完工.寶貝們快樂地在自由都市的每一個角落玩耍嬉戲,目睹這一場景的小智一行甚為歡喜.突然,快樂祥和的氣氛被充滿悲憤的蓋諾賽克特所破壞.它們將所見之物一律視為敵人,果斷無情地發起猛烈攻擊,紐特市頓時陷入前所未有的混亂之中.危急關頭,超夢及時現身,與蓋諾賽克特展開對抗.
"它們與我一樣,是本來不應該出現在這個世界上的神奇寶貝!"
與蓋諾賽克特們感同身受的超夢,竭盡全力保護著紐特市和這里的同伴與人民.人造神奇寶貝之間史無前例的對抗,戰火肆意蔓延,超夢體內蘊藏已久的力量也被喚醒,戰斗朝著不可預知的方向發展.曾發誓帶著蓋諾賽克特找到家園的小智,能否實現和這五名神奇寶貝的約定?
