在"地獄之門"出現的同時,南美也出現了"天堂之門",為此還爆發了"天堂戰爭".之後伴隨著天堂之門的消失,數億條人命與大陸的一部分從地球上消失了.而黑,則是當年參加過"天堂戰爭"的一個傭兵.天堂之門消失後,他被組織送到東京進行間諜活動.後來他被卷入了契約者和人類的全面沖突中,掌握了人類與契約者存亡的關鍵.而他並沒有倒向人類和契約者任何一邊,而是選擇了雙方共存的未來.在引發了被人稱為"東京大爆炸"的事件之後,他與他的同伴——銀一起消失無蹤.
而兩年後,故事的舞台轉到俄羅斯.帕夫柳琴科博士過去曾經是負責研究物質與時間,空間等扭曲的組織的一員,同時也是記憶操作機相關研究的第一人.而他有一對兒女,便是蘇芳和紫苑這一對雙胞胎.但是某一天,弟弟紫苑受到從天而降的流星核的影響而成為了契約者,代價則是從此要靠輪椅行走.而蘇芳本來也是過著和平安甯的生活,但是她卻不知道降臨到自己頭上的是怎樣殘酷的命運.隨著各國諜報機關人員的相繼登場,她的和平生活也就此消失……
